Секвенаторное-3
May. 8th, 2009 01:38 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
city_ratЧтобы тему закрыть: совсем кратко о новом модном методе чтения генома - пиросеквенировании.
Любопытна история метода. Первые наработки насчет пиросеквенирования появились еще в начале 90-х, но в дело тогда не пошли: до промышленного применения технологию довели только лет пять как. Сейчас в литературе метод довольно часто назвают "секвенированием по Ротбергу", хотя Ротберг его непосредственным разработчиком не является. Т.е. он, конечно, ученый-генетик, и не из последних, но гораздо важнее, что он миллионер. История опять вполне мексиканская. Несколько лет назад у него родился сын, но не задышал - попал в интенсивную терапию на аппарат. Папа запаниковал и вбил себе в голову, что у ребенка генетический дефект. Поскольку деньги есть - паниковал папа с размахом: решил отсканировать весь геном сына и разобраться с проблемой во всеоружии. Однако по Сэнгеру это заняло бы много лет и стоило бы столько, что даже миллионер не потянет. Поэтому папа основал «454 Life Science Corp.» и поставил перед ней задачу: создать такой метод чтения ДНК, какого еще не бывало. Чтобы немедленно и за реальные деньги — ну хотя бы миллионы, а не миллиарды...
Совсем быстро, однако, не получилось: ребенка успели вылечить по старинке. Зато папа теперь станет еще богаче. С помощью нового метода можно прочесть 25 миллионов пар оснований (это весь геном низшего гриба) за четыре часа, а три миллиарда нуклеотидов, составляющих геном человека, — за сто дней, стоимость же такого проекта, по предварительным оценкам, составит около десяти тысяч долларов. Метод сейчас активно используется для секвенирования вирусных ДНК/РНК. Вирус свиного гриппа читали именно так. Плюс огромная экономия на подготовительных процессов: по Сэнгеру, если стоит задача не известные fingerprints снять для криминалистических целей с помощью готового набора праймеров, а читать что-то новое - то чуть ли не три недели занимает выращивание культур бактерий, с помощью ферментов которых будут резать ДНК в нужных местах (в деталях вот этого процесса я не копался, так что могу что-то переврать).
Кстати, одному из первоткрывателей ДНК - Джеймсу Уотсону - геном уже секвенировали на память потомкам. Насколько я понимаю - в рекламных целях.
Метод интересен не столько биохимически (в основе все та же ПЦР), сколько технологически. Сплошной нанотех:
1. Берем выделенный образец ДНК, которую надо читать, денатурируем (разрываем на отдельные нити) и случайным образом с помощью ферментов рубим их на мелкие кусочки.
2. Разбавляем раствор до такой степени, чтобы крупинка за крупинкой гонялась с дубинкой. Добавляем в него специальный ноу-хау-порошок, состоящих из бусинок диаметром 28 микрометров. Бусинки - "липкие" для ДНК. Поскольку из-за сильного разведения кусочков ДНК на единицу объема раствора очень мало - то к большинству бусинок прилипает только один кусочек ДНК.
3. Добавляем в расвор минеральное масло и взбиваем его в эмульсию. Капельки масла окружают крупинки, и в результате у нас получается нечто вроде изолированных микрореакторов. Ну или примитивного рукотворного клеточного ядра: капли масла за счет поверхностного натяжения удерживают все необходимые реагенты вокруг бусинки с единственным кусочком ДНК
4. Проводим обычную ПЦР, в результате чего единичные кусочки ДНК размножаются (это нужно для усиления получаемого при дальнейших реакциях). Бусинки обрастают ДНК-хвостами. Растворяем и удаляем масло.
5. Зазливаем полученный раствор в специальную реакционную пластину. Пластина представляет собой прозрачный планшет с сотами - нечто вроде поддона для изготовления кубиков льда в холодильниках, только диаметр каждой ячейки 44 микрометра, объем — 75 пиколитров. В результате в каждую ячейку попадает только одна бусинка (а некоторые и вовсе пустыми остаются). Пластина закрывается покровным стеклом так, что над ячейками остается немного пространства для протока реагентов, но настолько мало, что бусинки уже не могут выскочить из своих ячеек.
6. Заряжаем пластину в специальный аппарат, который с помощью высокоточного насоса (похожего на те, что применяют в струйных принтерах) начинает подавать в ячейку по очереди растворы четырех нуклеотидов - AGTC, смешанные с ферментами и прочей необходимой химией для реакции полимеризации ДНК. Прокачал один, промыл, прокачал следующий - и так по кругу многократно. Что при этом происходит? Кусочки ДНК, как и положено, начинают достраиваться комплиментарными нуклеотидами. Т.е. в первый цикл (если мы подаем раствор А) достроятся молекулы только в тех ячейках, где кусочки начинаются с Т и т.д. И вот тут, собственно, только и начинается собственно применение метода, разработанного в девяностые, когда было замечено, что в присутствии специального фермента - пирофосфата при присоединении очередного нуклеотида к цепи возникает слабая флюоресценция. Т.е. в тех ячейках, где произошла реакция - возникает вспышка света. Дальше - дело техники: пластинку снимает высокочувствительная цифровая камера (матрицу которой приходится охлаждать, чтобы снизить шумы), каждая вспышка соотносится с определенной микроячейкой и подаваемым в данный момент раствором, полученные последовательности обрабатываем на компе, склеиваем, получаем результат.
7. ...
8. PROFIT
В общем, все намного более технологично. Без пробирок и возни с реагентами на начальном этапе и тут не обойтись, но все-таки уже более "цифрово".
Метод, однако, не идеален: он в целом менее точен, чем сэнгеровский. В частности, хуже считываются длинные последовательности одинаковых нуклеотидов (думаю, причины поймете сами). За скорость надо платить.
В заключение отмечу, что сейчас ведутся активные работы по созданию прямых считываетелей ДНК (чиповых секвенаторов). Идея состоит в том, чтобы протягивать молекулу ДНК сквозь нанопору, сформированную на подложке микросхемы, и читать ее по мере прохождения, подобно магнитофонной ленте. При реализации такой технологии мы получим возможность встраивать считыватели генома (ну, хотя бы на уровне DNA-fingerprints) чуть ли не в бытовые КПК.
Дело, однако, явно не завтрашнее (собственно, датчиков, считывающих, какой именно нуклеотид мимо него идет, пока не придумали, насколько я понимаю: все пишут только о созданни "лентопротяжного механизма", а еще точнее - о валиках для него). Но, похоже, послезавтрашнее.
----
Использованные материалы (в порядке нарастания мозгодробительности):
http://bio.fizteh.ru/student/biotech/2006/dna_chtenie_28042006.html.
http://biomolecula.ru/content/214
http://molbiol.ru/bio/001/001.html
Любопытна история метода. Первые наработки насчет пиросеквенирования появились еще в начале 90-х, но в дело тогда не пошли: до промышленного применения технологию довели только лет пять как. Сейчас в литературе метод довольно часто назвают "секвенированием по Ротбергу", хотя Ротберг его непосредственным разработчиком не является. Т.е. он, конечно, ученый-генетик, и не из последних, но гораздо важнее, что он миллионер. История опять вполне мексиканская. Несколько лет назад у него родился сын, но не задышал - попал в интенсивную терапию на аппарат. Папа запаниковал и вбил себе в голову, что у ребенка генетический дефект. Поскольку деньги есть - паниковал папа с размахом: решил отсканировать весь геном сына и разобраться с проблемой во всеоружии. Однако по Сэнгеру это заняло бы много лет и стоило бы столько, что даже миллионер не потянет. Поэтому папа основал «454 Life Science Corp.» и поставил перед ней задачу: создать такой метод чтения ДНК, какого еще не бывало. Чтобы немедленно и за реальные деньги — ну хотя бы миллионы, а не миллиарды...
Совсем быстро, однако, не получилось: ребенка успели вылечить по старинке. Зато папа теперь станет еще богаче. С помощью нового метода можно прочесть 25 миллионов пар оснований (это весь геном низшего гриба) за четыре часа, а три миллиарда нуклеотидов, составляющих геном человека, — за сто дней, стоимость же такого проекта, по предварительным оценкам, составит около десяти тысяч долларов. Метод сейчас активно используется для секвенирования вирусных ДНК/РНК. Вирус свиного гриппа читали именно так. Плюс огромная экономия на подготовительных процессов: по Сэнгеру, если стоит задача не известные fingerprints снять для криминалистических целей с помощью готового набора праймеров, а читать что-то новое - то чуть ли не три недели занимает выращивание культур бактерий, с помощью ферментов которых будут резать ДНК в нужных местах (в деталях вот этого процесса я не копался, так что могу что-то переврать).
Кстати, одному из первоткрывателей ДНК - Джеймсу Уотсону - геном уже секвенировали на память потомкам. Насколько я понимаю - в рекламных целях.
Метод интересен не столько биохимически (в основе все та же ПЦР), сколько технологически. Сплошной нанотех:
1. Берем выделенный образец ДНК, которую надо читать, денатурируем (разрываем на отдельные нити) и случайным образом с помощью ферментов рубим их на мелкие кусочки.
2. Разбавляем раствор до такой степени, чтобы крупинка за крупинкой гонялась с дубинкой. Добавляем в него специальный ноу-хау-порошок, состоящих из бусинок диаметром 28 микрометров. Бусинки - "липкие" для ДНК. Поскольку из-за сильного разведения кусочков ДНК на единицу объема раствора очень мало - то к большинству бусинок прилипает только один кусочек ДНК.
3. Добавляем в расвор минеральное масло и взбиваем его в эмульсию. Капельки масла окружают крупинки, и в результате у нас получается нечто вроде изолированных микрореакторов. Ну или примитивного рукотворного клеточного ядра: капли масла за счет поверхностного натяжения удерживают все необходимые реагенты вокруг бусинки с единственным кусочком ДНК
4. Проводим обычную ПЦР, в результате чего единичные кусочки ДНК размножаются (это нужно для усиления получаемого при дальнейших реакциях). Бусинки обрастают ДНК-хвостами. Растворяем и удаляем масло.
5. Зазливаем полученный раствор в специальную реакционную пластину. Пластина представляет собой прозрачный планшет с сотами - нечто вроде поддона для изготовления кубиков льда в холодильниках, только диаметр каждой ячейки 44 микрометра, объем — 75 пиколитров. В результате в каждую ячейку попадает только одна бусинка (а некоторые и вовсе пустыми остаются). Пластина закрывается покровным стеклом так, что над ячейками остается немного пространства для протока реагентов, но настолько мало, что бусинки уже не могут выскочить из своих ячеек.
6. Заряжаем пластину в специальный аппарат, который с помощью высокоточного насоса (похожего на те, что применяют в струйных принтерах) начинает подавать в ячейку по очереди растворы четырех нуклеотидов - AGTC, смешанные с ферментами и прочей необходимой химией для реакции полимеризации ДНК. Прокачал один, промыл, прокачал следующий - и так по кругу многократно. Что при этом происходит? Кусочки ДНК, как и положено, начинают достраиваться комплиментарными нуклеотидами. Т.е. в первый цикл (если мы подаем раствор А) достроятся молекулы только в тех ячейках, где кусочки начинаются с Т и т.д. И вот тут, собственно, только и начинается собственно применение метода, разработанного в девяностые, когда было замечено, что в присутствии специального фермента - пирофосфата при присоединении очередного нуклеотида к цепи возникает слабая флюоресценция. Т.е. в тех ячейках, где произошла реакция - возникает вспышка света. Дальше - дело техники: пластинку снимает высокочувствительная цифровая камера (матрицу которой приходится охлаждать, чтобы снизить шумы), каждая вспышка соотносится с определенной микроячейкой и подаваемым в данный момент раствором, полученные последовательности обрабатываем на компе, склеиваем, получаем результат.
7. ...
8. PROFIT
В общем, все намного более технологично. Без пробирок и возни с реагентами на начальном этапе и тут не обойтись, но все-таки уже более "цифрово".
Метод, однако, не идеален: он в целом менее точен, чем сэнгеровский. В частности, хуже считываются длинные последовательности одинаковых нуклеотидов (думаю, причины поймете сами). За скорость надо платить.
В заключение отмечу, что сейчас ведутся активные работы по созданию прямых считываетелей ДНК (чиповых секвенаторов). Идея состоит в том, чтобы протягивать молекулу ДНК сквозь нанопору, сформированную на подложке микросхемы, и читать ее по мере прохождения, подобно магнитофонной ленте. При реализации такой технологии мы получим возможность встраивать считыватели генома (ну, хотя бы на уровне DNA-fingerprints) чуть ли не в бытовые КПК.
Дело, однако, явно не завтрашнее (собственно, датчиков, считывающих, какой именно нуклеотид мимо него идет, пока не придумали, насколько я понимаю: все пишут только о созданни "лентопротяжного механизма", а еще точнее - о валиках для него). Но, похоже, послезавтрашнее.
----
Использованные материалы (в порядке нарастания мозгодробительности):
http://bio.fizteh.ru/student/biotech/2006/dna_chtenie_28042006.html.
http://biomolecula.ru/content/214
http://molbiol.ru/bio/001/001.html
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2009-05-10 08:07 pm (UTC)насколько я понимаю, индустрия и технология уже практически подошли к выращиванию органов из плевка.
ведь ДНК -- суть программа по принципу машины состояний, а состояния кодируются чем-то типа стоперов (забыл как их правильно), которые находятся в уже сформированной клетке и которые собственно обеспечивают то, что клетка окажется неизменной.
т.е. если у нас есть днк и мы ее можем запустить в аминокислотный бульен, в который в нужные моменты будем намешивать стоперы -- сформируется вполне себе нормальный орган.
no subject
Date: 2009-05-10 08:56 pm (UTC)Да и синтез белка - это только начало процесса. К тому же мы далеко не все еще знаем об этих механизмах.
no subject
Date: 2009-05-10 09:08 pm (UTC)ну или посмотреть на асемблерный/двоичный код от программы на эрланге, не зная из чего его получили (о, от фортрана тоже бывает, помню чего генерил FOTRAN-4 фирмы DEC на PDP11 -- ыыых!)
так что это все от недостатка знаний, но я и говорю что инструменты для добывания сих знаний уже вполне на поток поставленны.
может уже даже где и ковыряют програмный эмулятор для интерпретации ДНК.
no subject
Date: 2009-05-10 09:32 pm (UTC)Только, ко всему прочему, нет двух третей документации, а клетка, я уверяю, посложнее "пентиума".
no subject
Date: 2009-06-14 06:11 pm (UTC)2. Вы, батенька, у меня прямо-таки комплекс неполноценности вызываете. Ощущение собственной тупости :). Буду ещё читать и разбираться. И иногда спрашивать :).
no subject
Date: 2009-06-14 06:40 pm (UTC)no subject
Date: 2009-06-15 02:16 am (UTC)2. Скажем так - мне интересна не только эта серия постов.