про отходы не очень понял.
Я про себестоимость писал (цены реализации- это отдельная материя)
Если доплатить за доп.услуги по вывозу - это типа накладных расходов. Там все положительное.

Отрицательная, а точнее нулевая себестоимость есть у побочной продукции.
Например чурак режут на фанерном заводе и есть обрезки. А себестоимость вся на основной продукции. Если такая побочная продукция приходуется - значит предприятие себе в доходы это запишет. Часто это в учёте не делают - головняка больше.