самое сложное с тегами - объяснить тем, кто их будет проставлять, зачем они нужны, термины каких типов стоит использовать в качестве тегов в конкретном случае и тд. ну и соотвественно прежде чем начинать их использовать неплохо точно знать, что ими будут помечать. если все употребимые в конкретном случае теги заранее подобраны, их число ограничено, и вес не имеет корявых перепадов, то вполне юзабельно.
как с любой непростой заморочкой, все четко зависит от того, как реализовано. я вот впервые обратил внимание на эту фишку на покойном ныне 3pointd.com и там было удобно и четко, облако работало в качестве навигатора лучше чем обычная система с разделами сайта, коих может и вовсе не быть. ну и еще пара неплохих реализаций попадалось, но в целом редкость.